生物数据分析技能培训

软件安装

表达谱差异数据挖掘
差异表达基因集（DEGs）分析策略。
GEO数据库检索及数据集在线分析。
利用GEO2R在线工具筛选获得差异表达基因集，并获得TCGA数据库交集结果。

表达谱数据聚类分析
利用ArrayTools软件（设置各项参数）处理GEO数据库下载的表达谱数据。
表达谱数据聚类分析。
聚类图形优化工具。

基因集功能富集分析
利用DAVID、Metascape在线工具进行基因集功能富集分析（GO MF、GO BP、GO CC；KEGG Pathway）。
绘制或下载基因集功能富集图。
基因集韦恩图分析。
基因集ID多元转换。
基因集相互作用分析
利用String在线工具（设置各项参数）获得基因集相互作用结果。
mRNA-miRNA、miRNA-lncRNA、miRNA-circRNA、mRNA-circRNA相互作用分析。

交互作用数据可视化
利用Cytoscape软件进行基因注释、分子间相互作用、基因集差异表达的可视化分析。
批量修改交互网络的节点、边、背景属性。
利用Cytoscape App进行基因集交互网络的GO富集分析、文本挖掘、关键/瓶颈基因及核心基因筛选。
高分辨率可视化结果的保存与输出。

共表达数据层级解析
构建基因集差异共表达Pathway-mRNA-miRNA-lncRNA/circRNA调控网络。
靶点基因序列分析策略。