生物数据分析技能培训

核酸信息注释
NCBI数据库：Gene（参考序列）、Unigene（标准参考序列）、Nucleotide（非参考序列）数据库。
EBI数据库：HGNC（标准全称/缩写识别、转换）、Expression Atlas（表达图谱）子数据库。

核酸信息注释
基因结构数据库：内含子剪切位点、可变剪接、启动子序列及分析策略、转录因子及其结合位点。

蛋白质信息注释
蛋白质序列数据库：UniProt数据库。
蛋白质相互作用数据库：String数据库。
蛋白质三级结构数据库：PDB数据库。
功能注释数据库：GO、KEGG数据库。

非编码RNA信息注释及靶点分析
非编码RNA注释、靶点预测、验证靶点、功能及疾病关联等数据库。
1.miRNA：miRBase、TargetScan、miRTarBase、miRPath、miRDB等数据库。
2.LncRNA：NONCODE、LNCipedia、lncRNAdb、LncBase等数据库。
3.CircRNA：circBase、starBase、CircInteractome等数据库。

表达数据挖掘与聚类分析
利用GEO2R在线工具进行GEO数据挖掘。
先利用ArrayTools软件处理从GEO数据库下载的表达数据，再利用Cluster/Treeview软件进行聚类分析。
利用UALCAN在线工具进行TCGA数据挖掘。

基因集共表达分析
基因集共表达分析策略。
利用DAVID在线工具进行基因集功能富集分析（GO、KEGG Pathway），并利用Excel软件/Venn在线工具绘制富集图/维恩图。
利用bioDBnet在线工具转换基因集ID。
基因集相互作用图形化分析。

交互作用数据可视化分析
利用Cytoscape软件进行关联基因注释及其交互关系、分子间相互作用、基因集差异表达、基因集共表达的可视化分析。